Taman nasional Wakatobi merupakan salah satu surga bawah laut paling indah di dunia. Kabupaten Wakatobi terdiri dari empat pulau utama, yaitu Wangiwangi, Kalidupa, Tomia, dan Binongko.

Nama Wakatobi merupakan akronim dari empat pulau utama itu.  WAngi-Wangi, KAledupa, TOmia, dan BInongko. Selain keempat pulau tersebut, terdapat beberapa pulau kecil lain yang berada di wilayah Wakatobi, antara lain Pulau Hoga, Kapota, Anano dan Rundumana.

Taman Nasional Wakatobi yang ditetapkan pada tahun 1996, dengan total area 1,39 juta hektar, menyangkut keanekaragaman hayati laut dan karang yang menempati salah satu posisi prioritas tertinggi dari konservasi laut di Indonesia. Keindahan dan kekayaan kawasan Taman Nasional Wakatobi sebenarnya sudah terkenal di mancanegara, terutama setelah Ekspedisi Wallacea dari Inggris pada tahun 1995 yang menyebutkan bahwa kawasan di Sulawesi Tenggara ini sangat kaya akan spesies koral.

Di Taman Nasional Wakatobi terdapat 750 dari total 850 spesies koral yang ada di dunia. Konfigurasi kedalamannya bervariasi mulai dari datar sampai melandai ke laut dan di beberapa daerah perairan terdapat yang bertebing  curam. Bagian terdalam perairannya mencapai 1.044 meter.